El Consejo Nacional de Zonas Francas (CONAZOFRA), adscrito a la Presidencia de la República es un  organismo autónomo, con personería jurídica propia, patrimonio y financiamiento propio, autonomía administrativa, económica, financiera y operativa cuya función principal es ser la Institución Rectora del Régimen Franco en el Ecuador.

• Dictar las políticas generales para la operación y supervisión de las zonas francas.
• Proponer la expedición, modificación o supresión de normas legales o reglamentarias relacionadas con las zonas francas y sus actividades.
• Analizar las solicitudes para el establecimiento de zonas francas y dictaminar sobre ellas
• Aprobar los reglamentos internos de cada zona franca, presentados por las empresas administradoras, para su operación.
• Impulsar la promoción interna y externa de las zonas francas para asegurar su fortalecimiento;
• Absolver consultas que se susciten en la aplicación de esta Ley.
• Aplicar las sanciones administrativas establecidas en esta Ley; y,
• Velar por el cumplimiento de las disposiciones de esta Ley y sus reglamentos.