El Consejo Nacional de Zonas Francas es un organismo integrado por representantes de los sectores públicos y privados. El artículo 7 de la Ley de Zonas Francas establece los miembros que componen el Consejo Nacional de Zonas Francas:

• El Presidente de la República o su delegado, quien lo presidirá
• El Ministro de Comercio Exterior, Industrialización y Pesca o su delegado, quien reemplazará al Presidente en su ausencia
• El Ministro de Finanzas y Crédito Público o su delegado
• El Ministro de Defensa Nacional o su delegado
• Un representante de la Cámara de Zonas Francas del Ecuador
• Un representante de los usuarios de las zonas francas, elegido por colegio electoral.
  

Los miembros del CONAZOFRA, que lo sean por delegación, serán profesionales especializados en materias económicos, administrativas, legales o de comercio exterior.

El CONAZOFRA sesionará con la presencia de por lo menos cuatro de sus miembros. Las resoluciones se tomarán por mayoría de votos de los miembros presentes y, en caso de empate, el Presidente tendrá voto dirimente.